INV je naslednik Manjšinskega inštituta, ki je kot ena prvih tovrstnih raziskovalnih institucij v svetu deloval v Ljubljani v letih od 1925 do 1941. Ukvarjal se je s proučevanjem položaja Slovencev v zamejstvu ter s položajem nemške in madžarske manjšine v Sloveniji (takrat Dravski banovini). Ob italijanski okupaciji med drugo svetovno vojno je bil inštitut »likvidiran, da ne bi padlo njegovo gradivo okupatorju v roke«, vendar je bil že januarja 1944 na osvobojenem ozemlju Slovenije ustanovljen Znanstveni institut pri Izvršnem odboru Osvobodilne fronte, ki je kot edina tovrstna ustanova v okupirani Evropi nadaljeval tudi delo Manjšinskega instituta. Njegov oddelek za vprašanja meja se je do leta 1948 preoblikoval v Inštitut za narodnostna vprašanja. V obdobju med leti 1948 in 1956 je inštitut deloval v okviru Univerze v Ljubljani, od tedaj pa je samostojna znanstvena ustanova. Leta 1992 je INV postal eden prvih javnih raziskovalnih zavodov.
1925 – 1941
Do leta 1918 je bilo današnje slovensko državno ozemlje del Avstro-Ogrske. Kot narod brez države so Slovenci leta 1848 oblikovali svoj program jezikovnih, kulturnih in šolskih zahtev ter ga posredovali habsburški dinastiji; predlagali so ustanovitev Zedinjene Slovenije kot upravne enote zgodovinskih dežel s slovenskim prebivalstvom. Začeli so zbirati in preučevati vse razpoložljive statistične in druge empirične podatke o prisotnosti in moči Slovencev, zlasti na obmejnih ali narodnostno mešanih ozemljih.
Ker je tretjina Slovencev po prvi svetovni vojni ostala zunaj meja matične domovine (takratne Jugoslavije), se je potreba po znanstvenem in sistematičnem raziskovanju manjšinskih in narodnostnih vprašanj močno povečala. Po tradiciji predvojnih slovenskih strokovnjakov za narodnostna vprašanja in Obrambnega (manjšinskega) muzeja Jugoslovanske matice je pet slovenskih “narodnoobrambnih” društev 1. februarja 1925 ustanovilo Manjšinski inštitut (Ml). Manjšinski inštitut v Ljubljani je raziskoval položaj Slovencev v sosednjih državah (Italiji, Avstriji in na Madžarskem) ter nemške in madžarske manjšine v Sloveniji ter zbiral dokumentacijo in literaturo o manjšinskih vprašanjih. Sistem mirovnih pogodb po prvi svetovni vojni ni zagotavljal učinkovitega varstva manjšin. Zato se je 15. in 16. decembra 1925 v Ženevi sestal prvi kongres Konference organiziranih etničnih skupnosti evropskih držav. Med pobudniki prvega srečanja v Ženevi je bil dr. Josip Vilfan (1878-1955), slovenski poslanec v italijanskem parlamentu. Predsedoval je Kongresu evropskih narodnosti in vodil njegov stalni odbor do jeseni 1939, ko je ta prenehal delovati. Pri delu kongresa so sodelovali predstavniki več kot 30 narodnosti.
Kongres je izhajal iz legitimističnega stališča in poudarjal nespremenljivost državnih meja; proti načelu samoodločbe je postavil načelo kulturne avtonomije manjšin. Kongres je protestiral proti vsem oblikam prisilne asimilacije in poudaril pomen urejenega statusa manjšin za evropski mir. Prizadeval si je za posplošitev manjšinskih zakonov na podlagi kolektivne zaščite. Dr. Vilfan je nekoč dejal, da je kongres “predvsem instrument za zaščito malih narodov in malih držav” in da bo do kodifikacije manjšinske zaščite prišlo “morda nekje čez 20 ali 50 let”. Slovenski manjšinski inštitut je od samega začetka svojega obstoja močno podpiral dejavnosti Kongresa evropskih narodnosti in dr. Vilfanove arhive je zapustil Inštitutu za narodnostna vprašanja in jih hrani Zgodovinski arhiv Ljubljana.
Strokovno osebje ljubljanskega manjšinskega inštituta je bilo omejeno na štiri ali pet ljudi, med raziskovalci pa je bil dr. Lavo Čermelj, ki ga je treba izpostaviti zaradi njegovih dosežkov. Toda število honorarnih sodelavcev je bilo zelo veliko, zlasti med emigrantskimi slovenskimi intelektualci, iz fašistične Italije in iz Avstrije. Takšno delovanje Ml je bilo izrazito “iredentistično” in antifašistično, po anšlusu Avstrije (1938) pa tudi protinacistično. Od leta 1930 so stroške inštituta plačevale slovenske oblasti, čeprav je inštitut formalno ostal zasebna ustanova z upravnim odborom in znanstvenim svetom. Ml je od leta 1925 objavil več knjig in člankov v različnih jezikih.
1941 – 1948
Z okupacijo slovenskega ozemlja aprila 1941 je manjšinski inštitut prenehal obstajati, večina njegovega arhiva pa se je izgubila. Knjižnica pa se je ohranila in je del današnje knjižnice Inštituta za narodnostna vprašanja v Ljubljani. Fašistično posebno sodišče je obsodilo dr. Lava Čermelja na smrt konec leta 1941, vendar je bil (za razliko od nekaterih drugih obsojenih Slovencev na istem procesu) amnestiran in namesto tega kaznovan z dosmrtnim zaporom.
Od italijansko-nemško-madžarske okupacije Slovenije aprila 1941 je bil cilj slovenskega protifašističnega boja (ki so ga vodili komunisti, vključeval pa je partizane vseh političnih prepričanj) osvoboditev in združitev razdrobljenega slovenskega naroda. To naj bi bila uresničitev programa Zedinjene Slovenije v izjemnih razmerah svetovne vojne. Po kapitulaciji Italije se je 4. in 5. januarja 1944 v Semiču na svobodnem ozemlju sestal kongres slovenskih kulturnih delavcev, ki je govoril o različnih vprašanjih kulture in znanosti tako v vojni kot v prihodnjih časih obnove.
Izvršni odbor Osvobodilne fronte je 9. januarja 1944 sprejel odločitev o ustanovitvi Znanstvenega inštituta (SI). 1944 v gozdovih Kočevskega Roga. To je bila edina takšna ustanova v okupirani Evropi. V odloku o ustanovitvi SI z dne 12. (in 13.) januarja 1944 so bili določeni cilji inštituta in imenovani njegovi člani. O tem, da je bila ustanovljena in da je bila ustanovljena, je pisal tudi zgodovinar dr. Fran Zwitter, docent inštituta Lojze Ude, tajnik inštituta. Institut ni bil le specializirana znanstvena ustanova, temveč je bil zamišljen tudi kot prava “gozdna akademija znanosti”. Njegovo multidisciplinarnost je potrjevala organizacija zgodovinsko-geografskega, pravnega, medicinskega, tehnično-ekonomskega in šolskega oddelka. V prvih tednih dela so raziskovalci na Inštitutu med drugim pripravili več prispevkov tudi o mejnih vprašanjih.
Znanstveni inštitut je deloval v razmerah partizanskega partizanskega vojskovanja. Zato je moral večkrat zamenjati lokacijo in vedno je bilo prisotnih le nekaj njegovih delavcev. Do začetka leta 1945 je moral bivati v lesenih barakah, večino arhiva in knjižnice (med vojno mu je uspelo zbrati okoli 1000 knjig) pa je moral skrivati v zabojnikih v okolici Inštituta. Knjige, zemljevide in statistično gradivo je Inštitutu uspelo dobiti celo iz Trsta in – prek britanske vojaške misije – iz Londona.
V novih povojnih razmerah se je dejavnost Inštituta razširila predvsem v dve smeri: zbiranje dokumentacije za zgodovino osvobodilnega gibanja in sistematično objavljanje – znanstveno utemeljenih – zahtev po novih, pravičnejših mejah.
1948 – danes
(Partizanski) Znanstveni inštitut je bil ukinjen leta 1948, njegov oddelek za mejna vprašanja pa je nadomestil Inštitut za narodnostna vprašanja – Inštitut za etnične študije (IES). Med letoma 1948 in 1956 je bil IES del Univerze v Ljubljani, od leta 1956 pa je samostojna znanstvena ustanova, ki jo je financiral Slovenski raziskovalni sklad.
Vendar je vzpostavljeno tesno in plodno sodelovanje s Filozofsko fakulteto, Ekonomsko in Pravno fakulteto ter Fakulteto za politične vede ostalo.
Sodelavci IES predavajo na univerzah v Ljubljani, Mariboru in tujini. Dr. Frana Zwitterja so na mestu direktorja inštituta nasledili Lojze Ude, dr. Lavo Čermelj, Drago Druškovič, dr. Janko Jeri. mag. Silvo Devetak, prof. dr Vladimir Klemenčič, doc. dr Miran Komac, mag. Vera Klopčič, doc. Mitja Žagar, doc. Cirila Toplak, doc. Damir Josipović in prof. dr Sonja Novak Lukanović.
Sodelavci Inštituta za narodnostna vprašanja z interdisciplinarno metodo raziskujejo različne vidike etničnih vprašanj, status narodnih manjšin v Sloveniji in slovenskih manjšin v sosednjih državah, mednarodnopravno varstvo manjšin ter oblike sobivanja in preprečevanje konfliktov v multietničnih družbah. Sodelavci inštituta se zavzemajo za dvojezični izobraževalni sistem na narodnostno mešanih območjih v Sloveniji in v sosednjih državah.
IES sodeluje pri organizaciji mednarodnih konferenc, ki poleg vpliva na teorijo prispevajo tudi k izboljšanju dejanskih razmer, v katerih živijo etnične skupnosti. Nekatera od teh srečanj so bila prelomnega svetovnega pomena – npr. seminar Organizacije Združenih Narodov o človekovih pravicah v večetničnih skupnostih (Ljubljana, 1965), ki je bil prvi mednarodni seminar na to temo na svetovni ravni. Drugi seminar OZN o manjšinah je potekal leta 1974 na Ohridu, IES pa je zanj pripravil temeljne dokumente.
V samo dveh letih – 1993 in 1994 – je Slovenija gostila šest mednarodnih kongresov o manjšinskih vprašanjih (Unescov seminar o večplastnih identitetah, Inštitut Zahod-Vzhod, Mednarodno združenje za zaščito ogroženih jezikov in kultur, Združenje geografov, Delovna skupnost Alpe-Jadran, Evropska konferenca o obmejnih regijah); pri organizaciji teh dogodkov je sodeloval Inštitut za narodnostna vprašanja.
Inštitut za narodnostna vprašanja (IES) od leta 1960 izdaja letno revijo Razprave in gradivo/Treatises and Documents, v kateri objavlja članke slovenskih in tujih strokovnjakov.
IES občasno objavlja tudi tematske monografije, npr. Madžari in Slovenci – sodelovanje in
sobivanje ob jugoslovansko-madžarski meji (Ljubljana. 1987); Sodelovanje staršev, šole in družbenega okolja pri uresničevanju koncepta dvojezičnega izobraževanja (Ljubljana. 1991); Etnične manjšine v Sloveniji (Ljubljana. 1993. 1994); Slovenci na Hrvaškem (Ljubljana. 1995) itd.
V 100 letih obstoja se je IES razvil v enega najpomembnejših evropskih in svetovnih centrov za raziskovanje manjšinskih in etničnih vprašanj. Njegova dokumentacija in visoko specializirana knjižnica (približno 30.000 knjig in 600.000 dokumentacijskih enot) sta neprecenljiva osnova za nadaljnje znanstveno delo. Zgodovinski arhivi IES so odprti za javnost in ponujajo nekaj dragocenih zgodovinskih dokumentov od začetka 20. stoletja dalje.